Marmara Üniversitesi Çevre Sorunları Uygulama ve Araştırma Birimi 1987 yılında oluşturuldu.  Araştırma  Biriminin Başkanlığına Prof. Dr. Adnan Aydın atandı. Araştırma Biriminde, sanayi ve evsel atık suları için karakterizasyon, arıtmaya yönelik proses geliştirilmesi, İstanbul şehrinin bir  çok ilçesinde hava kirliliği kirleticilerinin tespiti, sanayilerin emisyon kontrolü  gibi çalışmaları yapılmıştır.

Birimin yukarda özetlenen çalışmalarının genişlemiş kadro ve diğer imkanlarla destekelenmesine yardımcı olmak üzere “Uygulama ve Araştırma Merkezi” statüsüne kavuşmasının, diğer üniversiteler de benzer amaçlı merkezler bulunduğu husunu da göz önünde bulundurarak “Marmara Üniversitesi Çevre Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi “ kurulmuştur. Merkez, Yüksek Öğretim Kurumu Başkanlığının 19 temmuz 1990 tarihli toplantısında alınan karar ile kurulmuş olup,  Yönetmeliği 26 Ocak 1996 tarih ve 20267 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe girmiştir. Merkezin ilk Genel Kurulu 17 Şubat 1992 tarihinde toplanmıştır. Bu toplantıda Merkez Müdürü , Yönetim Kurulu ve Araştırma Bölüm Başkanları belirlenmiştir.Prof.Dr Adnan AYDIN merkez müdürü olarak atanmıştır.06 Aralık 1993 tarihli Merkez Yönetim Kurulu toplantısında Çevre Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezinin kısaltılmış adı MARÇEV olarak belirlenmiştir.

İstanbul Valiliği ve M.Ü. Çevre Sorunları Uygulama ve Araştırma Birimi arasında yapılan protokol gereğince, İstanbul’un kış dönemi hava kirliliği “kükürt dioksit” haritası çalışmaları, 1989 yılında başlamış ve 1994 yılında tamamlanmıştır. 

Türkiyede hazırlanan ilk Çevresel Etki Değerlendirmesi (ÇED) raporu merkezimiz  tarafından 1993 yılında hazırlanmıştır.